据《清宫档案揭秘》记载，清朝入关后十位皇帝中，有两位皇帝顺治、同治直接死于天花，另外还有两位皇帝康熙、咸丰，侥幸从天花的魔爪下捡回性命，脸上却永久性地留下了天花瘟神的特殊烙印——麻子。康熙帝还因为天花，就此继承了皇位。

顺治皇帝在24岁时候突然感染上天花，不久便驾崩了。24年的年纪根本没有考虑过继承人的问题，据史书的记载，顺治帝思考后事的安排可能是从正月初二日开始的。那天一大早，学士王熙到养心殿问安时，顺治帝把他留在身边，直到晚上才出宫，谈了些什么已不得而知。第二天，他又主动召见王熙，并让他靠近自己的床边说话。王熙在日记中记到：“是日，奉天诏面谕者关系重大，并前此屡有面奏，及奉谕询问密封奏折，俱不敢载。”王熙在自己的日记中都不敢把这些“关系重大”的内容记下来，可见君臣之间所谈论的内容除了继承人和其他重大人事安排，就是对自己政务得失的反思和对后事的担忧等。

顺治帝虽年仅24，已经有八个皇子，长子和四子已先后夭折。剩下的六个儿子是：九岁的二儿子福全，八岁的三儿子玄烨、五岁的五儿子常宁、三岁的六儿子奇授、两岁的七子隆禧和八儿子永干。有人说皇太后原本指望继承人能仍出于自己的科尔沁蒙古博尔济古特氏，因此不仅连续给顺治帝册封了两位这个家族的皇后，另外还有四个博尔济古特氏女子被册为妃子。不过，可惜的是两个皇后不为顺治帝所喜爱，连遭冷遇，博尔济古特氏六位宫妃都没有为顺治帝生下一男半女。皇太后的打算就这样落空了。常宁以下的皇子都属尚在襁褓中，岁数都太小。只有福全和玄烨两个有主理事物的能力。一直以来顺治皇帝都看好次子福全，认为他的年龄稍微大一些，也较为贤能，有意立为太子的。但玄烨聪明认学，皇太后十分喜欢他。而且这个福泉有一些残疾，一个眼睛失明，这显然不能成为泱泱大国的“门脸”。命不久矣的顺治帝，很是烦恼。如果就请求钦天监供职的西洋传教士汤若望。汤若望在宫中当差已经很有些年头，官至一品，曾救过皇太后一命，深受信任，顺治帝与他关系也是非同一般，曾尊称他为“玛法”，满语翻译过来就是“爷爷”之意。

汤若望给顺治帝的建议是年龄小一岁的玄烨。给出的理由就是这位稍小一点的玄烨已经在很小的时候起过天花，不会再受天花的困扰，而没有起过天花的福全，要担心随时感染上天花的可能。正在被天花折磨可能命不久矣的顺治帝被这条理由所折服。

顺治十八年也就是公元年1月9号，顺治皇帝病逝后的第三天，不满八岁的玄烨身穿一身坐在了紫禁城金銮殿的宝座中，成为新一代的少年天子。隆重的登基大典有条不紊地进行着，此时，站在前面的文武大臣，依稀会发现小皇帝的脸上竟然有几粒稀疏的麻子。也正是因为这几粒麻子，小皇帝才能够坐上那张万人垂涎的龙椅。

康熙帝虽然因为得过天花才当上皇帝，但是康熙帝并不感激天花，因为天花是传染性很强的疾病，从晋朝就已经有了记载，直到清朝依然是不治之症。年幼的康熙因为被传染了天花，所以一直没能承欢在父母的膝下，一直被乳母抱在城外的庙宇养活着，幼年的惨淡经历使其深深明白。

天花对大清王朝的威胁。在总结了前人防痘经验的基础上，他开始由过去被动防御而转为主动出击防治天花。康熙继位以后，多年的休养生息，使得北方连续性的天花爆发已开始减弱，而南方传统的种痘疫苗法也传到了北方。这种民间种痘法，最早起源于明朝隆庆年间，被称为吹鼻种痘法。分为两种，一种方法叫旱苗法，取天花者的痘痂研成细末，加上樟脑冰片等吹入种痘者鼻中；另一种方法叫水苗法，就是将患者的痘痂加入人乳或水，用棉签蘸上，塞入种痘者的鼻中。两种方法的原理事实上都是让种痘者轻度感染天花，发烧出疹，再经过精心护理，待病症消失，就具有了免疫力。

清初推广的传统的种痘疫苗法，是当时世界上最为领先的预防天花的方法。据记载，康熙时期，俄罗斯曾派人专门到中国学习这种痘法。后来这种方法经土耳其传入欧洲。年，在此基础上英国人詹纳发明了“詹纳法“，也就是后来的牛痘疫苗法。